2012年7月，在《美國食品藥品管理局安全與創新法案》（FDASIA）獲得國會批準之后，突破性療法認定（BTD）開始生效。新規為用來治療嚴重疾病或者危及生命的疾病的藥物提供了新的資格認定，制藥公司要獲得這種資格，需要通過初步臨床證據表明，其研發的新藥顯示出了比現有藥物有明顯改善的治療效果。
在FDA出臺的一系列加快藥物開發和批準計劃中，BTD最初看似是一個相當不起眼的補充，外界對其所產生影響的預期并不大，在有些人看來，制藥行業每年提出的突破性療法認定申請也許少到只有兩三件。然而，根據FDA發布的2013年行業指導報告，在這項立法生效之后的短短一年時間里，這一數字上漲了十倍。如今，在BTD計劃進入的第三個年頭，實際數字比最初的估計高了30~40倍。

Q1:BTD審批提速是否實至名歸？
從Ⅰ期臨床試驗階段開始，BTD就為高效的藥物開發提供了有力后盾，FDA各部門在跨學科的協同參與中各司其職
初看起來，BTD似乎就是FDA快速審批通道（Fast Track）的另外一個翻版。快速審批通道是FDA建立的一個獨立的藥品審評資格計劃。不過，FDA很快發現，BTD所帶來的好處要比快速審批通道更加廣泛。從Ⅰ期臨床試驗階段開始，BTD就為高效的藥物開發提供了強有力的指導，尤其是其識別出了臨床試驗設計取得的進步（比如適應性臨床試驗），以及不斷發展之中的技術（比如伴隨式診斷）。
最值得注意的是，BTD向臨床試驗發起者提供了FDA的承諾，這一點被視為FDA在跨學科的協同參與中將會做到各司其職，這種參與不僅僅是在FDA部門層面，而且還跨越了各級管理層。
然而，FDA和臨床試驗發起者很快就遭遇到了挑戰。就FDA方面來說，面臨申請太多、時間太短的問題。目前，FDA解決的辦法就是承諾給予一定的靈活性。FDA審評人員同意，制藥公司在提交申請時，可以提供較少的穩定性數據，他們在審評周期內也可以接受研究數據的修改，并增加產品上市銷售之后的相關承諾。FDA表示，其愿意在這個審評程序中進一步拓展這種便利性。
在遭到拒絕的BTD申請中，大約72%與試驗設計或分析問題有關。這表明，試驗發起者在提交申請之前，必須在與FDA的溝通交流上下功夫。與FDA相關評審部門進行非正式的磋商，可能會有助于試驗發起者更好、更早地了解FDA到底需要什么樣的數據。
在美國智庫“布魯金斯學會”最近舉行的會議上，有人指出，這種早期的溝通交流既可以增強BTD申請的可行性，又可以減少那些毫無意義的申請數量。
對于臨床試驗發起者而言，挑戰則在于其自身資源方面。根據BTD規則，產品的上市銷售申請在Ⅱ期試驗階段之后被提交，這比傳統的新藥上市許可申請（NDA）提早兩年，這種情況會因為制藥公司在全球多個市場同時申請而進一步復雜化（包括國外監管機構對生產現場進行檢查）。對生物制劑的申請來說，BTD可能還涉及到制藥公司要以更加廣泛的標準規范提交申請，這些標準規范在項目后期階段（從臨床試驗基地的推出，以及轉移到商業生產基地的上市銷售之后）會變得更加嚴格。因此，制藥公司必須在申請中包括產品獲批之后的生命周期管理計劃。
這可能引發的后果就是，如果制藥公司過于頻繁地對潛在的突破性藥物投下賭注，這就會讓自身的資源處于過度緊張狀態。FDA也擔心這一點，因為BTD計劃廣受歡迎，但立法并沒有為滿足更多的申請需求提供足夠的資金支持。

Q2:BTD是否值得藥企嘗試？
2013~2014年， BTD新藥的平均總開發時間比非BTD新藥少2.5年
如果BTD帶來回報，臨床試驗發起者會得到什么？平均來說，2013~2014年，新分子實體（NME）藥物批準的BTD產品（數量為11只）的總開發時間要比非BTD新分子實體（數量為53只）少2.5年。換句話說，BTD本身帶來了近3.5年的審批時間優勢。
就BTD方面來說，這種初期的表現并沒有被投資界所忽視。2014年，投入生命科學公司的資金占風險資本投資總額的18%，光是風險資本家就對私營生物技術公司投入了60億美元。美國國會進行相關話題討論時稱，這種面向生物技術和制藥領域的私營投資趨勢是積極的監管和決策環境所帶來的結果。
與此同時，廣大患者肯定會對BTD計劃取得的成果感到高興：過去三年來，醫藥行業提交了300多件資格認定申請，有超過25只產品獲得批準，其中包括在FDA 藥物評價與研究中心（CDER）和生物制品評價與研究中心（CBER）獲得批準的NME和補充劑，這些產品橫跨多個治療領域。

Q3:BTD是否為公眾健康帶來更大利益？
在此框架下，FDA能夠支持從早期臨床試驗階段到上市銷售后風險管理階段的醫藥創新，但需注意資源管理
FDA指出，BTD的推動力主要源于藥物研發領域出現的幾個新趨勢，比如分子靶向治療藥物的興起，其往往與伴隨式診斷工具結合在一起。在這些靶向治療藥物中，有一些比現有藥物治療效果更大，這種效果甚至在對人體所做的初步試驗中就表現得很明顯。如果在藥品開發的早期階段，就能觀察到藥物在治療嚴重疾病時產生了很大的效果，那么，實施更長時間、覆蓋傳統的試驗全程的臨床開發計劃看上去也就顯得多余了。
與傳統審批程序所需的時間相比，FDA在盡早向患者提供前景看好的藥物方面也面臨著挑戰，尤其是在患者沒有其它藥物可供使用的情況下。BTD似乎是一條更加符合FDA自身使命的路徑：一方面要保護公眾的健康，另外一方面要促進醫療產品的開發。BTD要求制藥公司明確，其所開發的藥物在具有臨床意義的終點上比目前可供使用的藥物表現出實質性的優勢，此舉既提供了勝過現有藥物的優勢，又提供了合理預測臨床治療好處的證據。
因此，這將讓FDA擁有一種手段，用來解決其所認為的監管悖論：一方面，FDA對藥物的諸多不確定性感到不快，另一方面，其又愿意接受一只藥物在獲批之前存在的某些未知數，這兩者之間存在著固有但卻可以調和的矛盾。以前，FDA是在藥物開發的關鍵節點進行定期干預，但是現在，FDA的干預方式轉向了“全覆蓋、所有層次、每時每刻”的促進框架。通過這種做法，FDA能夠支持從早期臨床試驗階段到上市銷售后風險管理階段的醫藥創新。
不過，要讓這種情況順利實現，有關方面必須在資源層面采取相應的措施：要么臨床試驗發起者必須減少申請數量，提交更少或者更高質量的申請，要么FDA通過擴大BTD計劃和收取一定的費用，擴大其審批規模。