iTRAQ技術原理： 

iTRAQ試劑為可與氨基酸N端及賴氨酸側鏈連接的胺標記同重元素(isobaric)。在質譜圖中，任何一種iTRAQ試劑標記的不同樣本中的同一蛋白質表現為相同的質荷比。
在串聯質譜中，信號離子表現為不同質荷比(114～117)的峰，因此，根據波峰的高度及面積，可以得到蛋白質的定量信息。 

iTRAQ試劑結構：

iTRAQ試劑是一種小分子同重元素化學物質，包括三部分：

一端是報告部分 reporter group；
另一端是肽反應部分 peptide reactive group；
中間部分是平衡部分 balance group。

其中： reporter group：質量為114Da、115 Da、116 Da、117 Da，因此iTRAQ試劑共四種。
? peptide reactive group：將reporter group與肽N端及賴氨酸側鏈連接，幾乎可以標記樣本中所有蛋白質。
? balance group：質量為31 Da、30 Da、29 Da、28 Da，使得四種iTRAQ試劑分子量均為145 Da，保證iTRAQ標記的同一肽段m/z相同。
圖1 iTRAQ 試劑結構
 
綜上：
    4個來源不同的相同蛋白樣品在一級質譜上表現相同；
    Balance group在二級質譜發生中性丟失；
    Reporter group 在二級質譜產生４個報告離子，分別是114、115、116和117；

操作流程：

iTRAQ技術主要特點：

1.分離能力強、分析范圍廣
2.定性分析結果可靠，可以同時給出每一個組分的分子量和豐富的結構信息
3.MS具備高靈敏度、檢測限低
4.分析時間快，分離效果好
5.自動化程度高
6.iTRAQ技術不僅可發現胞漿蛋白，還有膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白7.iTRAQ技術可檢測出低豐度蛋白、強堿性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白